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HPA 내의 최신 개발에 대한 리뷰가 최근 Protein Science 저널에 게시되어 웹 사이트의 새로운 데이터와 기능을 요약하고 여러 대규모 데이터 세트 및 전산 분석 도구를 사용하여 진행 중인 움직임의 최근 발전을 설명합니다. 단일 세포 수준에서 인간 프로테옴을 해독합니다.
지난 10년 동안 Human Protein Atlas 포털은 세계에서 가장 많이 방문한 데이터베이스 중 하나로 성장했습니다. 20,000개의 인간 단백질에 대한 항체 기반 탐색으로 시작된 것은 여러 transcriptomics 데이터 세트 및 기타 유형의 데이터 통합을 통해 확장되어 RNA 및 단백질 수준에서 인간 프로테옴의 다차원 공간 지도를 생성했습니다. 자세한 매핑은 조직, 단일 세포 및 세포 이하 분해능 모두에서 건강과 질병을 모두 다루며 최근에는 단백질의 고유한 관점을 나타내는 다양한 섹션으로 구성되었습니다.
지난 몇 년 동안 HPA에 단일 세포 수준 분해능 데이터를 추가하여 세포 간 발현 변이를 조사하고 밝힐 수 있도록 노력했습니다. 단일 세포 유형 섹션의 형태로 주요 단일 세포 수준 리소스가 추가되었습니다. 여기에서 많은 수의 조직에서 단일 세포 RNA-seq 데이터를 가져오고 재분석하여 인간의 대부분의 세포 유형에 대한 mRNA 수준을 생성합니다. 몸. 조직 세포 유형 섹션은 벌크 RNA-seq 데이터의 디콘볼루션을 기반으로 하는 또 다른 단일 세포 수준 추가로, 세포 유형별 참조 유전자와의 발현 상관관계를 기반으로 각 유전자에 대한 세포 유형 특이성 예측을 생성합니다. 또한 항체로 염색된 조직 절편에서 수집한 공간 단백질 정보는 이전에 주석을 달지 않은 세포 유형 및 세포 구조에 대한 발현 수준을 포함하도록 심도를 높여 재평가되었습니다.
데이터베이스의 상당한 확장에는 방문자가 정보에 액세스할 수 있도록 돕기 위해 쉽게 해석되는 그래픽 생성뿐만 아니라 크고 복잡한 데이터 세트를 분석하고 시각화하기 위한 고급 방법의 개발이 포함되었습니다. transcriptomics 데이터는 동일한 세포 유형의 단일 세포 및 신체 전체에서 유사한 발현 패턴을 가진 유전자 그룹의 식별을 용이하게 하는 UMAP 클러스터 플롯을 생성하기 위해 차원적으로 축소되었습니다.
사용자 친화적인 그래픽 및 데이터 클러스터 표현과 같은 추가 기능이 있는 웹 사이트의 새로운 섹션 레이아웃은 새로운 수준의 해상도에서 인간 프로테옴에 대한 추가 연구를 단순화할 것입니다.
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